Temiz ve sağlıklı su Bitki, yem artıkları ve metabolizma ürünleri akvaryum suyunun kalitesini bozar. Akvaryumdaki balıkların ve bitkilerin sağlığının desteklenmesi açısından su kalitesinin iyi olması gerekir. Bunun için çeşitli filtreler ve değişik filtre materyalleri kullanılır. Filtreler akvaryum suyunu emer ve kirleri ve artıkları filtre materyalinden geçirerek sudan ayırır.