En casi cada acuario se utilizan tubos. Ya sea para la entrada o la salida del filtro externo, cuando se utiliza un clarificador UV-C o también para las bombas de aire o los sistemas fertilizantes de CO2. Los tubos grises han demostrado ser muy eficaces para conducir el agua, ya que el color gris hace que se formen menos algas en el interior. No obstante, los tubos pueden obstruirse con el tiempo, por lo que hay que limpiarlos al menos cada 6 meses con un cepillo para tubos (JBL Cleany). Con el paso del tiempo, los tubos pierden su flexibilidad y hay que recambiarlos. Además, para conducir el gas CO2 es aconsejable utilizar tubos resistentes al CO2 (JBL PROFLORA T3). En caso de que algún tubo esté doblado por haber estado en su envase o guardado durante mucho tiempo, dejarlo en agua hirviendo unos minutos suele ayudar.
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